微生物有機肥料是在普通有機肥基礎上發展而來，其內部具有特定功能的微生物通過自身的生命活動促進土壤中物質的轉化、提高作物營養水平、促進和協助營養吸收、刺激調控作物的生長，防治有害微生物等等。

發酵工序對物料性狀有一定要求，以雞糞為例，由于雞糞水分含量較高，需經雞糞脫水機處理后才能作為發酵原料。如果收集的雞糞是采用刮糞方式清理出來的，其含水量會稍低，無需使用固液分離機進行脫水處理，這個根據實際情況而定。

微生物有機肥設備同其它的肥料設備一樣，只是工藝上有所差異。在以雞糞為原料生產時，發酵過程中接菌量的多少，添加碳、氮源等物質的多少，翻堆機操作的頻率，對微生物有機肥發酵過程的穩定、ph值、菌數、時間長短、氨的吸收及再生營養物質的質量等，都有較明顯的影響。

發酵初期主要是碳水化合物的分解，中后期是纖維素和木制素的分解，礦化和腐殖化過程同時進行，并釋放植物生長發育需要的氮、磷、鉀、其它微量元素及有機物質等。